Powodem podjęcia decyzji o wdrożeniu w Akademii Morskiej w Szczecinie Systemu Zarządzania Jakością (SZJ) była konieczność spełnienia przez Uczelnię wymogów ratyfikowanej przez polski rząd Konwencji STCW i związana z tym polityka Rektora. Konwencja w pkt. I/8 wymaga, aby ośrodki kształciły kadry morskie według jednolitych zasad i wytycznych; a wdrożony System Zarządzania Jakością jest gwarancją realizacji powyższych założeń. Minister właściwy ds. gospodarki morskiej w ślad za postanowieniami konwencji wydał rozporządzenie z którego wynika, że jednym z warunków prowadzenia działalności szkoleniowej zgodnie z wymaganiami Konwencji STCW jest posiadanie udokumentowanego systemu zarządzania jakością.

W AM Szczecin System Zarządzana Jakością jest zgodny z normą ISO 9001:2000. Wdrażanie SZJ w Uczelni rozpoczęło się od jednostek pozaakademickich, które zostały przedstawione do certyfikacji znacznie wcześniej, i tak: Ośrodek Szkoleniowy Ratownictwa Morskiego otrzymał certyfikat w marcu 1997r. przyznany przez Lloyd’s Register Quality Assurance i Polski Rejestr Statków, a Studium Doskonalenia Kadr Oficerskich w lutym 1998r. wydany przez Lloyd’s Register Quality Assurance.

Wiosną 1998 roku rozpoczęto wdrażanie SZJ na wydziałach. Tak jak w przypadku OSRM i SDKO pierwsze kroki poczynione w kierunku wdrożenia systemu jakości to opracowanie i zatwierdzenia przez najwyższe kierownictwo polityki jakości. Z początkiem roku akademickiego 1998/99 opracowana dokumentacja SZJ w zakresie działalności związanej z projektowaniem, realizacją i rozliczaniem procesu dydaktycznego składająca się z "Księgi Jakości", procedur oraz dokumentów zewnętrznych i wewnętrznych, została wdrożona. W listopadzie i grudniu odbyły się audity wewnętrzne (czyli sprawdzenie, czy opisany w dokumentacji system jest zgodny z wymaganiami i czy zaplanowane działania są realizowane zgodnie z tym, co zapisano) mające na celu sprawdzenie efektywności wdrożonego SZJ oraz wykrycie ewentualnych niezgodności. Po przeprowadzeniu auditów wewnętrznych, wprowadzeniu działań korygujących wynikających z ujawnionych niezgodności, został przeprowadzony przegląd SZJ wykonany przez kierownictwo Uczelni. Przegląd taki jest wymagany przez normę i stanowi możliwość ostatecznego zweryfikowania skuteczności wdrożenia systemu przed przystąpieniem do certyfikacji. Przegląd wykonywany przez kierownictwo ostatecznie zweryfikował skuteczności wdrożonego systemu i pozwolił na podjęcie decyzji o zgłoszeniu Uczelni do certyfikacji.

Certyfikacja systemów jakości jest to działanie trzeciej strony wykazujące, że zapewniono odpowiedni stopień zaufania, iż należycie zidentyfikowany proces lub usługa są zgodne z wymaganiami normy ISO 9001:2000. Jest ona najbardziej efektywna pod warunkiem, iż jest przeprowadzona przez uznaną jednostkę certyfikującą w ramach narodowej akredytacji. W przypadku AM jednostką certyfikująca jest Lloyd’s Register Quality Assurance z akredytacją UKAS (United Kingdom Accreditation Services).
Znak zatwierdzenia LRQA wraz ze znakiem akredytacji UKAS Tick and Crown przyznany AM Szczecin.

Proces certyfikacyjny rozpoczął się od przekazana w połowie grudnia 1998r. do przeglądu jednostce certyfikującej dokumentacji SZJ. W dniach 11- 12 stycznia 1999r. auditorzy przeprowadzili certyfikację, w wyniku której Akademia Morska została rekomendowana przez Lloyd’s Register Quality Assurance do otrzymania certyfikatu na zgodność Systemu Zarządzania Jakością w zakresie kształcenia kadr morskich zgodnie z Konwencją STCW 95 .

W maju 2002 roku zakończono opracowanie dokumentacji SZJ, w zakresie działalności związanej ze szkoleniami oferowanymi przez Morski Ośródek Szkoleniowy w Świnoujściu. Proces certyfikacyjny odbył się w II etapach. Pierwszy etap to przegląd dokumentacji pod względem zgodności z norma ISO 9001:2000, a drugi to audit certyfikacyjny. W październiku 2002 roku MOS otrzymał certyfikat SZJ w zakresie morskich szkoleń zgodnie z wymaganiami Konwencją STCW 95.