Historia Akademii Morskiej w Szczecinie, podobnie jak wyższego szkolnictwa morskiego na Pomorzu Zachodnim wiąże się nierozerwalnie z historią Wydziału Nawigacyjnego. Propozycja zlokalizowania w Szczecinie szkoły kształcącej kadry dla potrzeb gospodarki morskiej powstała już w grudniu 1945 roku. Z wielu koncepcji realizacji tego zamiaru przeważyło przeniesienie Wydziału Nawigacyjnego z Państwowej Szkoły Morskiej z Gdyni do Szczecina.

   



    Państwowa Szkoła Morska w Szczecinie powołana została 1 stycznia 1947 roku.
   W 1949 roku podporządkowano ją Państwowemu Centrum Wycho-wania Morskiego w Gdyni, a następnie w 1951 roku przekształcono w Nawigacyjne Technikum Morskie.

    Zarządzeniem ministra żeglugi z dnia 18 lipca 1953 roku Technikum zostało postawione w stan likwidacji.



W ciągu 6 lat istnienia Państwowej Szkoły Morskiej i Nawigacyjnego Technikum Morskiego wypromowano 492 absolwentów, wielu cenionych oficerów i kapitanów floty handlowej. Z grona absolwentów wywodziło się 2 ministrów resortu żeglugi, 2 rektorów oraz wielu naukowców, dyrektorów urzędów morskich i innych przedsiębiorstw gospodarki morskiej.

   



    W związku z dynamicznym rozwojem floty dalekomorskiej i przedsiębiorstw rybackich szkolnictwo morskie w Szczecinie zostało reaktywowane. W roku 1962 powstała Państwowa Szkoła Rybołówstwa Morskiego. W pierwszych dwóch latach jej istnienia prowadzone były dwa równoległe cykle nauczania: 3-letni oraz 5-letni. Szkoła ta prowadziła dwa wydziały: Nawigacyjno-Połowowy oraz Obsługi Maszyn Statków Rybackich.

    W 1963 roku powołano w Szczecinie nową szkołę – była to pomaturalna Państwowa Szkoła Morska. Kształciła ona kadrę oficerską dla floty handlowej. Nauka trwała 3 lata. Struktura organizacyjna powołanych wydziałów Nawigacyjnego i Mechanicznego posiadała, podobnie jak w Państwowej Szkole Rybołówstwa Morskiego, cechy uczelni wyższej.

  
 
W 1967 roku połączono obydwie szkoły. W ich miejsce powstała nowa pomaturalna Państwowa Szkoła Morska. Posiadała ona trzy wydziały: Nawigacyjny, Nawigacyjno-Połowowy i Mechaniczny.
PSM została w 1968 roku przekształcona w Wyższą Szkołę Morską z dwoma wydziałami: Nawigacyjnym i Mechanicznym. Działalność dydaktyczną rozpoczęła w roku akademickim 1969/70. Do roku 1974 prowadzono w niej studia inżynierskie, w latach 1974-89 – jednolite magisterskie, a od roku 1989 dwustopniowe: inżynierskie i magisterskie.

  
    W 2002 r. w Wyższej Szkole Morskiej w Szczecinie został powołany Wydział Inżynieryjno-Ekonomiczny Transportu, do którego z Wydziału Nawigacyjnego przeniesiony został kie-runek kształcenia transport.
    W roku 1997 Wydział Nawigacyjny uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora w dziedzinie nauk technicznych, dyscyplinie geodezja i kartografia, zaś w 2002 roku uprawnienia takie otrzymał Wydział Mechaniczny. Stanowiło to podstawę do nadania uczelni nazwy „Akademia Morska w Szczecinie”. Stało się to 26 lutego 2004 roku.