Zarządzeniem nr 12 Ministra Infrastruktury z dnia 20 lipca 2002 r. powołany został Wydział Inżynieryjno-Ekonomiczny Transportu poprzez włączenie do dotychczasowego Instytutu Inżynieryjno-Ekonomicznego Transportu, Instytutu Eksploatacji Portów i Floty z Wydziału Nawigacyjnego. Wydziałowi Inżynieryjno-Ekonomicznemu Transportu powierzono prowadzenie studiów na poziomie inżynierskim na następujących kierunkach: Zarządzanie i Inżynieria Produkcji oraz Transport. W roku akademickim 2004/2005 wypromowani zostali pierwsi absolwenci studiów inżynierskich dziennych i zaocznych.

16 lipca 2007 r. Wydział Inżynieryjno-Ekonomiczny Transportu uzyskał zgodę na prowadzenie studiów II stopnia (magisterskich) na kierunku Zarządzanie i Inżynieria Produkcji. Studia trwają 1,5 roku.  

27 maja 2010 r. Prezydium Państwowej Komisji Akredytacyjnej podjęło Uchwałę Nr 469/2010 pozytywnie opiniując wniosek o nadanie Wydziałowi Inżynieryjno-Ekonomicznemu Transportu uprawnień do prowadzenia kształcenia na kierunku "logistyka" na poziomie inżynierskich studiów pierwszego stopnia.

Głównym celem działalności Wydziału jest kształcenie wysoko wykwalifikowanych kadr zarządzających w zakresie logistyki i europejskiego systemu transportowego, firm spedycyjnych i transportowych ze szczególnym uwzględnieniem portów morskich i żeglugi śródlądowej. Absolwenci kierunku Zarządzanie i Inżynieria Produkcji mogą podjąć pracę w przedsiębiorstwach gospodarki morskiej, w administracji morskiej, przedsiębiorstwach transportowych, logistycznych i spedycyjnych.

Absolwenci WI-ET uzyskują dyplom inżyniera / magistra inżyniera (wybranego kierunku i specjalności) oraz charakteryzują się:

• dobrym przygotowaniem zawodowym
• nowoczesną wiedzą technologiczno-menedżerską
• dobrą znajomością języka angielskiego/niemieckiego
• znajomością procesów produkcyjnych
• umiejętnością zarządzania transportem zintegrowanym
• umiejętnością wdrażania postępu technicznego
• umiejętnością samokształcenia